分公司是不可能有獨(dú)立法人地位的，但可以獨(dú)立核算財(cái)務(wù)，所有收支單獨(dú)記帳，單獨(dú)在當(dāng)?shù)貓?bào)稅，總公司期末匯總分公司報(bào)表。

總公司收取分公司的管理費(fèi)：由公司懂事會會議或公司章程來確定。總公司收不收取管理費(fèi)用僅是你們公司內(nèi)部的利潤分配計(jì)算方式，因所得稅要匯總計(jì)算，不會對整個公司所得稅產(chǎn)生影響。

總公司收取管理費(fèi)用的分錄建議做管理費(fèi)用的內(nèi)部沖銷，或者掛其他應(yīng)收應(yīng)付等往來科目，總公司最好不要確定收入，否則又要多交一道流轉(zhuǎn)稅。

“總公司+分公司（財(cái)務(wù)獨(dú)立核算）+項(xiàng)目部”管理體制的財(cái)稅管理體系

在“總公司+分公司（財(cái)務(wù)獨(dú)立核算）+項(xiàng)目部”管理體制下，由于分公司財(cái)務(wù)上是獨(dú)立核算的單位，也是增值稅納稅義務(wù)人，企業(yè)所得稅實(shí)行總公司預(yù)分配給分公司在分公司所在地進(jìn)行預(yù)繳，每年年終在總公司所在地進(jìn)行企業(yè)所得稅匯算清繳。因此，分公司必須有自己的業(yè)務(wù)合同章，但沒有法人公章。在業(yè)務(wù)開展期間，分公司和總公司的公章和合同管理如下：

第一，與發(fā)包方簽訂建筑總承包合同的主體是總公司，分公司因沒有建筑資質(zhì)而沒有資格對外與發(fā)包方簽訂建筑總承包合同。因此，總公司中標(biāo)，分公司施工的建筑總承包合同，必須蓋總公司的法人公章。

第二，在總公司授權(quán)下，總公司可以對外與材料供應(yīng)商、機(jī)械設(shè)備租賃出租方，勞務(wù)分包方簽訂合同，但是合同的民事責(zé)任必須由總公司承擔(dān)，這些進(jìn)項(xiàng)合同上必須蓋分公司的合同業(yè)務(wù)章。

第三，總公司、分公司和發(fā)包方簽訂三方施工補(bǔ)充協(xié)議。

協(xié)議中必須明確：分公司全權(quán)代表總公司與發(fā)包方處理工程施工中的各項(xiàng)事項(xiàng)；發(fā)包方將工程款直接支付給分公司銀行賬戶；發(fā)包方接受分公司開具建筑服務(wù)業(yè)的增值稅發(fā)票。

“總公司+分公司（財(cái)務(wù)獨(dú)立核算）+項(xiàng)目部”的管理體制與增值稅抵扣規(guī)定相沖突

在“總公司+分公司（財(cái)務(wù)獨(dú)立核算）+項(xiàng)目部”的管理體制下，由于總公司跟發(fā)包方簽訂工程總承包合同，雖然工程是分公司負(fù)責(zé)施工的，但是發(fā)包方一般而言只認(rèn)可總公司，不認(rèn)可分公司，在工程結(jié)算和支付工程款問題上，發(fā)包包方一般只會將工程款支付給總公司，必然向總公司索取增值稅發(fā)票，而不會將工程款支付給分公司，向分公司索取增值稅發(fā)票。而分公司又是當(dāng)?shù)卣笸鈦硎┕て髽I(yè)來本第地中標(biāo)施工項(xiàng)目的必備條件，為了將增值稅留在本地，分公司必須財(cái)務(wù)獨(dú)立核算。有鑒于此，分公司必須在總公司授權(quán)權(quán)下，對外與有關(guān)材料供應(yīng)商、機(jī)械設(shè)備出租方和建筑勞務(wù)分包商分別簽訂合同，所有的成本發(fā)票（增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額抵扣的增值稅專用發(fā)票）必須開給分公司，結(jié)果出現(xiàn)增值稅進(jìn)項(xiàng)發(fā)票上的抬頭是分公司的名字，而發(fā)包方又因總公司與其簽訂的總承包合同而要求總公司開具增值稅發(fā)票，結(jié)果出現(xiàn)了增值稅銷項(xiàng)稅發(fā)票的抬頭是總公司的名字。

根據(jù)增值稅抵扣制度的規(guī)定，要實(shí)現(xiàn)抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅，必須要求增值稅銷項(xiàng)稅專用發(fā)票（收入票）與增值稅進(jìn)項(xiàng)稅專用發(fā)票（成本票）上抬頭的名字是同一家公司的名字。因此，增值稅銷項(xiàng)稅專用發(fā)票（收入票）抬頭是總公司名字，增值稅進(jìn)項(xiàng)稅專用發(fā)票（成本票）上抬頭是分公司的名字，作為增值稅獨(dú)立納稅人的分公司不能實(shí)現(xiàn)抵扣增值稅進(jìn)項(xiàng)稅額。

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